HPV-vaccinerne har, siden de kliniske forsøg, været kritiseret for den massive, følelsespåvirkende markedsføring. En ekstremt aggressiv PR-strategi for den første GMO vaccine i et massevaccinationsprogram. Det formodes også, at det er den første vaccine, der er godkendt uden et neutralt placebo produkt. Placebogruppen har modtaget hele HPV-vaccinen eller dele af HPV vaccinen.

Opmærksomheden henledes på, at for at deltage i de kliniske forsøg, var der en lang række eksklusionskriterier. På den måde sikrede producenten sig, at deltagerne i de kliniske forsøge var blandt den absolutte elite i forhold til helbred. Alle med tidligere tilfælde af allergi, tidligere tilfælde af HPV virus infektion, tidligere tilfælde af seksuelt overført sygdom o.s.v. blev udelukket for studierne.

De første alvorlige meldinger om et stort antal alvorlige bivirkninger kom i rapporten, Miller Gardasil Trial Summary fra 2006. Her beskrives forsøgene i de forskellige lande og i Table 302 og 303 opsummeres bivirkningerne fra forsøgene. 302 er bivirkninger fra dag 1 til månded 7. Table 303 er fra måned 7 og frem. Et af de mere bemærkelsesværdige symptomer i Table 303 er ”Reproductive” Hele 15,1%-16,9% udviklede altså ny sygdom i det reproduktive system. Unge piger ,der inden deltagelse i studiet, var screenet og godkendte som ”super sunde”
Når forskere, ofte med økonomiske bånd til vaccineproducenterne, laver ”register studier” opsættes ofte betingelser i studiet, der sikrer, at der ikke fremkommer ”uønskede” resultater. De sponsorerede studier er udelukkende database studier og ofte med himmelråbende bias.

HPV vaccinationsprogrammet har til dato invalideret tusinder raske unge piger, drenge,mænd og kvinder. Se mere under indberettede bivirkninger. Til dato har HPV vaccinen ikke påvist effektivitet mod bekæmpelse af livmoderhalskræft – Hvem kan se hvornår vaccinationsprogrammet, med 70-90% effektivitet, blev introduceret?